【2026年最新版】アプリ開発に使える助成金・補助金｜制度比較・申請方法・注意点を徹底解説

近年、業界業種問わず出金管理や経費管理など、業務改善に活用するためにアプリ開発や業務システムを導入する企業が増えてきています。

しかし、アプリ開発には多額のコストがかかるため、費用面から断念してしまう人も多いです。

当記事では、アプリ開発に活用できる助成金や補助金の申請方法やアプリ開発で使用する際の注意点を解説します。

 

アプリ開発を検討している方はぜひ参考にしてみてください。

 

アプリ開発に助成金・補助金は使える？

アプリ開発をする際には、国や自治体が整備している助成金・補助金を活用することが可能です。

助成金・補助金というと、手続きが面倒に感じてしまう人もいるかもしれません。

しかし、内容によっては1,000万円以上の金額が支給されるケースもあります。

 

通常、アプリ開発には高額な費用がかかりますが、助成金や補助金を活用すればコストを抑えた開発ができ、自社の業務効率化に役立てることが可能です。

ただ、助成金・補助金は複数あるため、制度の趣旨や要件とアプリ開発の目的が合うものを選択する必要があります。

まずは、どのような助成金・補助金があるのか十分に理解することが重要です。

アプリ開発が補助対象になる理由

国や自治体では、新規事業の創出や生産性向上、DX（デジタルトランスフォーメーション）の推進など、さまざまな政策を実現するために助成金や補助金の制度を用意しています。

中でもアプリ開発や業務システムの導入は、企業の生産性向上や競争力の強化などに役立つ設備投資と判断・評価される傾向にあります。

多くの企業が既存業務のアプリ化によって人手不足の解消やコスト削減に取り組めば、国が推進する政策実現につながるため、補助対象になりやすいのです。

 

特に独自性の高いアプリ開発や、新規顧客層の開拓、また革新的なサービスの導入は、経済成長にも良い影響をもたらすと判断されやすくなっています。

 

【一覧比較表】補助金と助成金の違いを比較

国や自治体が整備している補助金・助成金には、さまざまなものがあります。

ここでは、補助金と助成金の違いを、一覧比較表を活用して比較しながら解説していきます。

制度	補助金	助成金
目的	・新規事業 ・販路開拓 ・IT化	・人材育成 ・雇用増加 ・労働環境改善
管轄省庁	経済産業省・中小企業庁・地方自治体	厚生労働省
補助率	1/2～4/5（制度や申請枠、各自治体によって異なる）	2/3や定額、45％～75％など制度によって異なる
支給方式	精算払い（原則後払い）	精算払い（原則後払い）
アプリ開発との相性	◎（国策であるデジタル化やDX推進に寄与するため）	△（雇用維持や人材育成など業務効率化を主な目的としているため）

下記では、目的・管轄省庁の違い、補助率・支給方式の違い、アプリ開発との相性をそれぞれ解説していきます。

目的・管轄省庁の違い

補助金と助成金は、目的や管轄省庁に違いがあります。

一覧表にあるように、補助金は経済産業省が管轄する制度が多く、ほかに中小企業庁や地方自治体が管轄するものもあります。

主に中小企業の新規事業・販路開拓・IT化など、事業の成長や売上向上、生産性向上につながることを目的とした制度となっています。

 

一方、助成金は厚生労働省が管轄する制度で、人材育成や雇用増加、福利厚生、労働環境改善といった業務効率化をはじめ、従業員のDXスキル研修や離職防止などを目的とした制度です。

新機能やツールのあるアプリを開発し、事業拡大を検討している人は補助金、自社アプリ開発を通じて社内の生産性向上や従業員の雇用維持を考えている人は助成金が適しています。

どちらもアプリ開発で活用することが可能で、税金や雇用保険料などを財源とした制度のため、原則返済不要の制度となっています。

補助率・支給方式の違い

補助率は制度によって違いがありますが、補助金の補助率は1/2～2/3が多いものの、制度によっては4/5の補助率のところもあります。

上限額も制度や申請枠によって異なり、50万円～最大9,000万円と幅が大きいのが特徴です。

補助金は経済産業省だけでなく、中小企業庁や地方自治体が管轄している制度もあるため、団体や各自治体によっても違いがあります。

 

助成金も制度によって補助率が異なり、2/3や定額、45％～75％となっているところなど、さまざまです。

支給方式については、補助金・助成金のどちらも基本的に精算払い（後払い）となっています。

補助金は制度を申請し採択された後でアプリ開発の費用を支払い、実績を報告・検査後に入金される流れで、採択制となっています。

 

一方、助成金も精算払いが基本ですが、計画申請・取り組み・支給申請の後で入金される流れとなっており、要件を満たせば入金される形です。

アプリ開発との相性

補助金と助成金を比較すると、アプリ開発により相性がいいのは補助金であることがわかります。

補助金は、国策であるデジタル化やDX推進に寄与するアプリ開発に適しており、高額になりやすい開発費用も補いやすくなっています。

特に新たなビジネスモデルの構築や業務効率化などを目指す場合には、さまざまな補助金制度が補助対象になることが多いです。

 

一方、助成金も制度によっては要件を満たせばアプリ開発にも活用可能ですが、雇用維持や人材育成など業務効率化を主な目的としているため、アプリ開発そのものには適していない場合もあります。

補助率も補助金と比較すると低めで、アプリ開発にかかる費用を補いきれない可能性もあります。

 

アプリ開発に活用できる主な補助金4選

アプリ開発に活用できる主な補助金は以下の4つです。

 

• ものづくり補助金
• IT導入補助金
• 中小企業新事業進出補助金（旧事業再構築補助金）
• 小規模事業者持続化補助金

 

それぞれ詳しく解説していきます。

ものづくり補助金

ものづくり補助金は中小企業庁が管轄の補助金制度で、「ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金」が正式名称です。

主に商品やサービスの新規開発、生産プロセスや販路の開拓・改善などを支援する制度で、企業の生産性向上や売上向上を目的としています。

すでに創業している企業で、企業規模の条件や従業員に対する賃金引き上げ計画を表明している中小企業や小規模事業者などが対象です。

 

補助対象となるのは、専用ソフトウェア・情報システムの構築やクラウドサービスやWebプラットフォーム利用費などで、アプリ開発や業務システムの導入では「一般型」の部門が該当します。

補助率は、中小企業は1/2、小規模企業や条件を満たす企業は2/3となっています。

補助額は申請枠によって異なりますが、一般型は最大1,000万円です。

IT導入補助金

IT導入補助金は、企業が自社の課題やニーズに適したITツールの導入を支援する制度で、中小企業や小規模事業者の業務効率化や生産性向上、売上向上を目的としています。

対象となるのは、生産性向上や売上向上を目的にITツールを導入する中小企業や小規模事業者です。

情報発信を目的としているアプリ開発やWebサイト制作、VR・AR用コンテンツ制作は対象外になるため、注意が必要です。

 

補助対象となるのは、あらかじめ事務局に登録されているIT導入支援事業者によって提供されているツール・サービスとなっています。

アプリ開発では通常申請枠であるA類型・B類型が該当し、補助率はA類型・B類型ともに1/2以内で、補助額はA類型が30万円～150万円未満、B類型が150万円～450万円以下となっています。

中小企業新事業進出補助金（旧：事業再構築補助金）

中小企業新事業進出補助金は、ポストコロナ・ウィズコロナ時代の経済環境の変化に伴い、中小企業庁が2021年に設立した制度で、2025年3月26日までは事業再構築補助金という名称でした。

主に新分野への進出・ビジネスモデルの転換・事業再編といった事業転換に取り組む中小企業の支援を目的としており、建物費・改修費・システム導入費・製品開発費・設計費など、補助対象となる規模の幅が広い点が特徴です。

対象となるのは売上が低下している中小企業や中堅企業などで、税理士や金融機関、コンサルタントなどの認定経営革新等支援機関と事業計画を策定していることが条件になっています。

 

補助率は最大1/2で、補助額は申請枠によって異なりますが、500万円～最大1億円となっています。

小規模事業者持続化補助金

小規模事業者持続化補助金は、小規模事業者の生産性向上や販路開拓などの取り組みの支援を目的としています。

地域の商工会や商工会議所で経営計画を作成したうえで生産性向上や販路開拓を図る必要があり、小規模事業者や個人事業主、要件を満たした特定非営利活動法人などが対象です。

 

アプリ開発では、EC機能のあるアプリ開発での販路拡大や店舗予約や受付システムのアプリ化など、販路開拓や売上向上につながる導入が補助対象となっています。

補助率は一般型で2/3、補助額は最大50万円です。

事業承継や創業、賃金の引き上げといった条件を満たせば、特別枠の対象となり補助額の上限が最大250万円になります。

 

他の補助金と比較すると補助額は少額ですが、手軽に利用しやすく多くの中小企業で活用されています。

 

アプリ開発に活用できる主な助成金制度4選

アプリ開発に活用できる助成金は、以下の4つです。

 

• キャリアアップ助成金
• 人材開発支援助成金
• 働き方改革推進支援助成金
• 地方自治体の創業助成金・IT導入支援助成金

 

それぞれ解説していきます。

キャリアアップ助成金（正社員化・処遇改善）

キャリアアップ助成金は、パート・アルバイト・契約社員など、非正規雇用労働者の社員登用や処遇改善を行う企業の支援を目的としています。

そのため、アプリ開発そのものを直接支援するわけではありませんが、アプリ開発を担う従業員を非正規雇用から正社員にする場合や、賃金を上げる場合などにのみ活用できる制度です。

正社員化コースの助成額は、有期雇用から正規雇用への転換で1人あたり80万円、無期雇用から正規雇用への転換で1人あたり40万円となっています。

 

2026年度より、重点支援対象者区分が新設されています。

賃金規定等改定コースの場合、賃金を3％以上4％未満増額改定で4万円、4％以上5％未満の増額改定で5万円といったように、増額の割合によって助成額が異なります。

人材開発支援助成金（IT・DX人材育成）

人材開発支援助成金は、従業員の研修や職業訓練といったスキルを習得する取り組みを実施する企業の支援を目的としています。

この助成金制度もアプリ開発そのものを支援するものではありませんが、従業員がアプリ開発スキルを習得するための研修や訓練等を行う場合に活用できます。

2025年度では、アプリ開発に関わる人材育成では人材育成支援コースが該当し、助成額は経費助成で45％・賃金助成で760円/時間です。

 

また、人への投資促進コース（高度デジタル人材訓練）の場合、助成額は経費助成で75％・賃金助成で960円/時間となっています。

職務を離れたOJT研修としてアプリ開発の研修・訓練を行う場合は、経費の一部を人材開発支援助成金で補うことが可能です。

働き方改革推進支援助成金

働き方改革推進支援助成金は、生産性向上や労働時間短縮など、働き方改革に取り組む企業の支援を目的とする、厚生労働省が管轄している制度です。

この制度では、生産性向上を目的にITツールの導入やDX化の強化も目的とされているため、アプリ開発・業務システム導入も対象となる場合があります。

また、ツールやシステムの購入・導入だけでなく、具体的な成果目標の設定・達成も条件となっています。

 

対象となるのは、従業員数が30人以下で、対象となる改善事業の合計額が30万円を超える企業です。

アプリ開発で活用する場合、目的が働き方改革なら業種別課題対応コースや労働時間短縮・年休促進支援コースが該当します。

補助率は3/4～4/5で、補助額は100万円～250万円となっています。

地方自治体の創業助成金・IT導入支援助成金

各地方自治体でも、アプリ開発に活用できる創業助成金やIT導入支援助成金があります。

例えば東京都で実施している創業助成金では、創業予定もしくは創業5年未満の事業者向けに、貸借料や広告費などに助成金を支給しています。

補助率は2/3で、補助額は100万円～400万円です。

 

同じく自治体が実施しているIT導入支援助成金もあります。

対象となる企業は各自治体の中小企業が基本で、IT導入費やデジタル化費用など、アプリ開発も補助対象となっている場合も多いです。

補助率や補助額は自治体によって異なるため、確認が必要です。

 

アプリ開発・業務システムの導入については、自治体独自で助成金を用意しているところが多く、地域独自のECアプリや地域課題解決に資するアプリ開発に助成がある場合もあります。

 

アプリ開発における補助金・助成金申請の流れ

企業がアプリ開発で補助金や助成金を活用する場合の流れは、以下のとおりです。

 

• 対象となる補助金・助成金の選定と公募要領の確認
• 事業計画書・必要書類の作成
• 電子申請（GビズID取得・jGrants等での提出）
• 採択通知後の交付申請・交付決定
• 補助事業の実施と経費管理
• 実績報告・補助金の受給

 

それぞれ解説していきます。

対象となる補助金・助成金の選定と公募要領の確認

まずは、アプリ開発が補助対象となる補助金・助成金を選定し、公募要領を確認する必要があります。

アプリ開発に活用できる補助金・助成金はいくつかありますが、アプリ開発の目的や方式などによって最適なものは異なります。

シンプルな自社アプリの開発を考えているなら、オーダーメイドで開発するよりも初期費用が抑えられるため、IT導入補助金や小規模事業者持続化補助金が適しています。

 

中でもIT導入補助金では、ソフトウェア導入や業務効率化につながるDX化を支援しているため、プラットフォームを利用する場合は月額利用料が対象になります。

自社アプリを一から設計・構築するフルスクラッチ開発を検討しているなら、ものづくり補助金・中小企業新事業進出補助金が適しています。

オーダーメイドでアプリ開発をする際は、初期費用が1,000万円以上になることも多いため、補助額が多い補助金・助成金の活用が望ましいでしょう。

 

特にものづくり補助金は補助額が1,000万円以上になることもあるため、できるだけ開発費用を抑えたい方におすすめです。

事業計画書・必要書類の作成

補助金や助成金を申請する際は、制度によって必要書類が異なるため、不備がないように準備しなければなりません。

主な必要書類は、事業計画書・登記事項証明書・決算報告書・従業員数の証明・経費見積書などが挙げられます。

書類が不足していると審査できないので、抜けや漏れがないよう十分に確認する必要があります。

 

特に事業計画書は、補助金・助成金の採択を大きく左右する書類であり、必ず提出しなければなりません。

事業計画書は、事業成長や賃金の値上げ・市場での優位性・費用対効果など、事業によって実現できる社会的意義を客観的・論理的に説明することが大切です。

補助金・助成金の規模にもよりますが、事業計画書の作成には2週間～6週間の準備期間が必要です。

電子申請（GビズID取得・jGrants等での提出）

補助金や助成金の申請は、電子申請のみとなっているものが多いです。

中には郵送に対応しているものもありますが、ほとんどが電子申請での手続きとなるため、オンライン申請システムの「JGrants」を利用することになります。

まずは、「GビズIDプライムアカウント」を取得します。

 

ID発行には2週間～3週間かかるため、早めに取得しておかなければなりません。

IDを取得したら、公式サイトからログインして手続きを進めます。

公式サイトにログイン後、まずは希望する補助金・助成金制度を選択し、事業計画書をはじめとする必要書類をアップロードし、必要事項を入力して申請します。

採択通知後の交付申請・交付決定

補助金や助成金の採択通知が届いたら、交付申請をして交付決定を受ける必要があります。

実際に補助金や助成金を受け取るためには、採択通知が届いた後に最終審査を受けて交付決定を得なければなりません。

採択通知は、補助金・助成金の権利を獲得したことの通知書となるため、交付決定が出る前の契約やアプリ開発は補助対象外になってしまう可能性が高いです。

 

採択通知後は、1週間～4週間以内に電子申請システムで交付申請を提出し、事務局による審査を経て交付決定通知を受け取ります。

審査には、約1ヶ月～2ヶ月かかります。

アプリ開発に着手できるのは、交付決定日以降となるため注意が必要です。

補助事業の実施と経費管理

補助対象となるアプリ開発の実施は、補助金・助成金の交付決定日から補助事業完了日の「補助事業実施期間内」で行います。

期間外の支払いはできないため、スケジュール管理を徹底して補助事業を実施したうえでの経費管理が必要です。

補助事業を実施する際には、経費として対象となる範囲も十分に理解しておきましょう。

 

経費の対象となるものは制度によって異なりますが、アプリ開発費やライセンス費、クラウド利用費などのシステム構築費のほか、開発会社への委託費やコンサルタント費用、アプリリリース広告費などもあります。

補助事業でかかった経費は、見積書・契約書・請求書・振込の控えなど証明となるものを揃えておき、事業終了後も保管しておかなければなりません。

実績報告・補助金の受給

補助事業が完了したら、計画通りに補助事業が完了した証明となる実績報告書や成果物報告書、経費の支払いの証明書類を用意し、事務局に提出します。

活用する制度にもよりますが、実績報告は補助事業完了後30日以内もしくは補助事業実施期間内が提出期限です。

実績報告は、必要書類を揃えたうえでオンライン申請システムのJGrantsにて提出します。

 

実績報告完了後は事務局による書類審査や修正等が行われ、報告内容に基づき補助金額が確定します。

事務局による書類審査から受給までは、約1ヶ月～2ヶ月が目安です。

補助金・助成金の確定通知が届いたら、請求手続きを行えば約1ヶ月以内に入金されます。

 

アプリ開発で制度活用する際の注意点

アプリ開発で制度を活用する際には、注意しなければならない点もあります。

ここでは、制度を活用する際の注意点を5つ解説します。

補助金・助成金は原則「後払い」である

アプリ開発に活用できる制度はさまざまですが、補助金・助成金のどちらも原則後払いとなっています。

仮に補助額が1,000万円だったとしても、開発時には事業者が自己資産や金融機関からの融資で費用を全額立て替えて支払わなければなりません。

アプリ開発を一から行う場合は初期費用が高額になるケースが多いため、事業活動に支障をきたさないよう、資金繰りに注意する必要があります。

 

補助事業終了後は、実績報告書や支払った経費の証明書類が必要になるので、緻密な経費管理を行い補助金・助成金が入金されるのを待ちましょう。

入金までには事務局の審査を通過しなければならないため、実際に受給するまでには時間がかかります。

後払いでも事業終了後すぐに受給できるわけではないため、資金に余裕を持って取り組むことが大切です。

交付決定前の契約・支出は対象外になる

補助金・助成金の多くは、交付決定後の契約や支出を対象としています。

交付決定は、補助金・助成金の採択通知の到着後、交付申請をして最終審査を通過しなければなりません。

最終審査を経て交付決定を受けて初めて補助事業を開始できるので、それ以前にアプリ開発の契約やシステム構築に伴う支出を行った場合は対象外になってしまいます。

 

採択通知は、あくまでも制度を活用できるという権利を獲得しただけに過ぎません。

採択通知が届いたからと安心して契約したり、採択を見越して先に事業を開始したりしないよう十分に注意しましょう。

アプリ開発は開発までのスピードも重要になる場合が多いですが、交付決定を受けてから取り組む必要があります。

事業期間外の経費は補助対象にならない

補助金・助成金制度は、補助事業実施期間が定められています。

仮に事業期間以前に補助事業を開始してしまったり、事業期間終了後に支出したりした場合は、その経費は補助対象外となってしまいます。

補助対象となるのは、発注や契約はもちろん、納品・支払いなど、補助事業に関わるすべての手続きが事業期間内に完了したもののみです。

 

また、補助事業完了後は事務局に実績報告を行う必要がありますが、実績報告は補助事業完了後30日以内となっていることもあれば、補助事業実施期間内になっていることもあるため、スケジュール管理には十分注意しましょう。

実績報告で事業計画に基づいた取り組みの証明ができずに認められなかった場合も補助対象外となります。

賃上げ・付加価値目標の未達成は返還リスクがある

補助金や助成金の中には、補助率や補助額の金額が大きい制度もあります。

アプリ開発に補助対象の1/2の補助率や1,000万円の補助金の受給を考えている場合は、審査時に提出した書類で賃上げや付加価値目標を達成できていないと判断されると、ペナルティが課せられる可能性があります。

事業計画に記した目標が未達成の場合、補助金が返還されるリスクもあるため、プロジェクトを進める際には補助金・助成金を専門としたコンサルタントと相談しながら取り組むと安心です。

 

金額の大きい補助金や採択率が低い助成金などは、賃上げや付加価値目標が達成できるよう、入念に事業計画を練る必要があります。

証拠書類は原則5年間の保管義務がある

補助事業完了後は、事業期間内の支出に関わる証拠書類を用意しなければなりません。

見積書や契約書・請求書・納品書・検収書・銀行振込の控え・通帳の写しなど、誰がいつどのように支払ったのかが明確にわかる書類はすべて用意します。

こうした証拠書類は事業終了後の実績報告で必要ですが、入金された後も原則として5年間は保管義務があります。

 

事業完了日に属する年度の終了後より5年間は、制度で活用した支出の証拠書類を必ず保管し、破棄しないよう注意してください。

電子データの場合も、紙を併用して補助事業実施期間内の日付の書類は原本をファイルやフォルダに整理して保管しましょう。

アプリ開発で大きな金額を受給した場合は、事務局や会計検査院による実地検査が実施される可能性もあるため、書類の紛失には十分注意しなければなりません。

 

申請代行は利用すべき？

アプリ開発で補助金・助成金を活用する際には、申請代行を利用することも可能です。

ここでは、申請代行を利用するメリット・デメリットや、信頼できる代行業者の選び方について解説します。

専門家に依頼するメリット

アプリ開発で補助金や助成金の申請代行を依頼するメリットは、プロの視点から精度の高い事業計画書の作成ができ、複雑な作業も迅速に行ってもらえるため、採択率の向上が期待できる点です。

専門家は採択されやすくなる条件や要件も把握しているため、事業計画書に反映させてくれます。

また、補助金や助成金の申請は、手続きや書類作成が複雑で時間や労力もかかります。

 

専門家に依頼することで、そういった時間や労力も省けるため事業活動に支障をきたす心配がありません。

専門家は制度の公募要領・必要書類の収集など申請手続きを熟知しているため、専門的な知見に基づいてスムーズな手続きができます。

専門家に依頼するデメリット

専門家に申請代行を依頼する際には、着手金や成功報酬などの費用がかかります。

代行業者によって費用は異なりますが、10％～20％に設定されているケースもあります。

この費用は、補助金・助成金を受給する前に支払うことになるため、アプリ開発費用とともに資金計画を策定しておかなければなりません。

 

また、申請代行を依頼しても、必ず採択されるわけではありません。

アプリ開発の知識がない代行業者の場合、事業計画書の内容や報告資料の作成などで十分に反映されないリスクもあります。

採択されなくても着手金が返還されないことも多いです。

信頼できる代行業者の選び方

申請代行を依頼して専門家による助言や手続きを行う場合は、信頼できる代行業者を選ぶことが重要なポイントです。

代行業者は、申請を検討している補助金・助成金の制度を十分に理解しているか、採択実績が豊富かどうかを確認し、専門性の高い業者を選びましょう。

料金体系も代行業者によって異なるため、着手金や成功報酬の金額や支払い日、追加費用の発生有無などについても確認しておくと安心です。

 

無料相談を行っているところもあるので、担当者の対応や信頼関係を築けるかどうかを判断するのも重要です。

IT導入支援事業者・商工会・商工会議所・弁護士・税理士・コンサルティング会社などはアプリ開発をはじめとするIT導入支援事務局として認定されているため、安心して申請代行を任せられるでしょう。

 

まとめ｜助成金・補助金を活用してアプリ開発を加速させよう

企業がアプリ開発に取り組む際には多額な費用がかかりますが、補助金や助成金を活用すれば費用負担を軽減することが可能です。

国や自治体が実施している制度には、アプリ開発が補助対象になるものも多く、補助率や補助額が高いところもあります。

しかし、制度の申請や手続きには必要書類の準備や補助事業実施期間内での補助事業の実施、実績報告など、注意点もあります。

 

採択率の向上や手続きの手間や労力を懸念している方は、代行業者に依頼することも検討してみてください。

助成金・補助金を活用してアプリ開発を進めたいものの、もっと手軽に開発・運用したい、開発にかかるコストを少しでも抑えたい方には、アイリッジの「APPBOX」がおすすめです。

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